โรงเรียนบ้านขาทรายมะเขือสามัคคี เปิดทำการเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2516 ตามหนังสือจัดตั้งที่ ยส. 55/1238 ลงวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ. 2516 ครั้งแรกได้ทำการปลูกสร้างอาคารเรียนหลังคามุงแฝก โดยทำพิธีเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2516 มีนายบำรุง วัฒนรัตน์ นายอำเภอเป็นประธาน ในปี 2541 โรงเรียนได้ดำเนินตามโครงการพัฒนาประสิทธิภาพการจัดการศึกษา ได้นำนักเรียนชั้น ป.3-6 ไปเรียนร่วมกับนักเรียนโรงเรียนบ้านพระเสาร์ และต่อมาในปี 2543 ได้นำนักเรียนทั้งหมดไปเข้าเรียนร่วมกับนักเรียนโรงเรียนบ้านพระเสาร์ ด้วยความลำบากของเส้นทางคมนาคม ทำให้ผู้ปกครองดำเนินการขอคืนโรงเรียนในปี 2544 นักเรียนทั้งหมดจึงได้กลับมาเรียนที่โรงเรียนบ้านขาทรายมะเขือสามัคคี จนถึงปัจจุบัน เปิดเรียนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 มีนักเรียนทั้งหมด 26 คน มีข้าราชการครู 2 คน พี่เลี้ยงเด็กพิการ 1 คน ธุรการ 1 คน ครูอัตราจ้าง 1 คน พี่เลี้ยงเด็ก 1 คน และนางภรณ์นิภา แก้วเคลือบ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านขาทรายมะเขือสามัคคี