โรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์ เดิมชื่อโรงเรียนประชาบาล 6   (วัดบ้านหนามแท่ง)  ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 5  เดือนมิถุนายน  พ.ศ.  2482  โดยอาศัยศาลาการเปรียญวัดบ้านหนามแท่งเป็นที่จัดการเรียนการสอน  นายเลื่อน  ประทุมรัตน์   นายอำเภอมหาชนะชัยให้ชื่อโรงเรียนนี้ว่า  โรงเรียนประชาบาล 6 วัดบ้านหนามแท่ง

          แต่งตั้งให้  นายเรียน  ปนคำ  ดำรงตำแหน่งครูใหญ่  นายฤทธิ์   เพลินศิลป์  เป็นครูปฏิบัติการสอน  เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4  โดยแยกนักเรียนออกจากโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์  มีเขตพื้นที่บริการ  2   หมู่บ้าน  คือ บ้านหนามแท่งและบ้านยางกลาง  ได้อุปกรณ์การเรียนการสอน วัสดุ  ครุภัณฑ์  จากนายเทียม     สมนิล      ผู้ใหญ่บ้านหนามแท่งและประชาชนร่วมกันบริจาค

          พ.ศ. 2493  ทางราชการแต่งตั้งให้นายฤทธิ์   เพลินศิลป์เป็นครูใหญ่และเปลี่ยนชื่อโรงเรียนใหม่เป็นโรงเรียนประชาบาลบ้านหนามแท่ง

วันที่ 19 มกราคม พ.ศ.2496 ทางราชการแต่งตั้งให้นายโทน    คำผง มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ต่อมาได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งโรงเรียนบ้านบัวขาว นายหอม   อาจแสงมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทน

          วันที่  21  เมษายน  พ.ศ.  2503  ได้ย้ายโรงเรียนไปอาศัยศาลาการเปรียญวัดบ้านยางกลาง เนื่องจากศาลาลาวัดบ้านหนามแท่งทรุดโทรมมากและได้ทำการรื้อถอนสร้างใหม่

          วันที่  11  กรกฎาคม  พ.ศ.  2504  ทางราชการแต่งตั้งให้นายวิรัช   แนวกันยา  มา

ดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายหอม  อาจแสงซึ่งลาออกจากราชการ

          วันที่ 2  มิถุนายน  พ.ศ.  2513  ได้ย้ายโรงเรียนจากศาลาการเปรียญวัดบ้านหนามแท่ง   มาก่อตั้งอาคารเรียนชั่วคราวในที่ดินแปลงจัดสรรใหม่(ที่ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน) ในเขตหมู่บ้าน ไชยประสิทธิ์หมู่ที่11  มีเนื้อที่ประมาณ  17  ไร่ 

          พ.ศ. 2518 โรงเรียนได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ซ พื้นเตี้ย            3  ห้องเรียน นายวิรัช  แนวกันยา เกษียณราชการแต่งตั้งนายบุญมี  แสงภักดีเป็นครูใหญ่แทน

          พ.ศ. 2521  ได้รับงบประมาณอาคารสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ซ  พื้นสูง ขนาด     2   ห้องเรียน

          พ.ศ.  2522  ได้เปิดขยายชั้นเรียนจนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6

          พ.ศ.  2526 นายณรงค์ฤทธิ์   ใจชื่น  มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่แทนนายบุญมี  แสงภักดี

          พ.ศ.  2527  ได้ก่อสร้างห้องสมุดโรงเรียนโดยของบประมาณบริจาคของชาวบ้านคณะผ้าป่าสามัคคีและคณะศิษย์เก่ามูลค่า  30,000  บาท   มีไฟฟ้าใช้ในโรงเรียน โดยงบประมาณบริจาคจากคณะครูและชาวบ้าน  มูลค่า  10,000  บาท  รับงบประมาณสร้างอาคารอเนกประสงค์แบบ  สปช.  202/2526  มูลค่า  180,000  บาท  และก่อสร้างถังเก็บน้ำฝน แบบ ฝ.33   มูลค่า   30,000   บาท

        พ.ศ.  2528  ได้รับงบประมาณจากจากกระทรวงสาธารณสุขสร้างถังเก็บน้ำฝน แบบ ฝ.33  และ ปรับปรุงสนามฟุตบอลทำประตูฟุตบอลโดยงบประมาณบริจาค  มูลค่า 4,000 บาท

          พ.ศ.  2530  พระครูกิตติสารกวีและพระครูสังฆรักษ์(ฉลอง  ธมฺมทีโป) บริจาคพัดลมเพดานจำนวน  6  เครื่อง  มูลค่า  5,500  บาท  และคุณครูอุดร  ผ่องแผ้ว  จำนวน  1  เครื่อง

          พ.ศ.  2535  ได้รับบริจาคสร้างแท่นประดิษฐ์ฐานพระพุทธรูปประจำโรงเรียน       จากคณะผ้าป่าสามัคคี  มูลค่า  15,000  บาท  เครื่องทำน้ำเย็น  2  เครื่อง  มูลค่า  6,300   บาท

          พ.ศ.  2538  นายสมัย    บุญคงชน  ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทน นายณรงค์ฤทธิ์    ใจชื่น

          พ.ศ. 2539  ได้รับบริจาคสร้างสนามวอลเลย์บอลจากพระราชมุนี  คณะผ้าป่าสามัคคีคณะครูและชาวบ้านมูลค่า  44,826  บาท

          พ.ศ.  2540  ได้ซ่อมแซมห้องสมุดโรงเรียนงบประมาณจากคณะครูและชาวบ้าน 

มูลค่า  8,875  บาท

          พ.ศ.  2541 ได้สร้างซุ้มประตูโรงเรียนงบประมาณจากคณะครูคณะศิษย์เก่าและ

ชาวบ้าน  มูลค่า  30,144  บาท

          พ.ศ.  2544  สร้างห้องเรียนคอมพิวเตอร์และห้องวิทยาศาสตร์ มูลค่า  51,249  บาท  และคอมพิวเตอร์  จำนวน  1  เครื่อง  มูลค่า  36,500  บาท  จากคณะศิษย์เก่า  

พ.ศ.  2547  ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากเดิมเป็นโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์

นายธเนศวร์    สายวร ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสถานศึกษาแทนนายสมัย   บุญคงชน

และได้รับบริจาคคอมพิวเตอร์จำนวน  2  ชุด  จากคุณทวี   คูณณัฐชรินทร์  กาบบัวศรี  มูลค่า  30,000  บาท  และคุณแนบคุณหนูเจียม  ดิษเปีย  มูลค่า  30,000  บาท  พร้อมเครื่องถ่ายเอกสาร  จำนวน  1  เครื่อง  จากคณะผ้าป่าสามัคคีและศิษย์เก่า   มูลค่า  50,000  บาท

          พ.ศ.  2548  นายบุญมี   แสงภักดีย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนนายธเนศวร์  สายวร

          พ.ศ.  2549  นายประครอง    จันทคง ย้ายมาดำรงตำแหน่งแทนนายนายบุญมี   แสงภักดี

ได้รับบริจาคสร้างห้องน้ำห้องส้วม  จำนวน  2  ที่ มูลค่า  64,454  บาท  และได้รับงบประมาณจาคณะผ้าป่าสามัคคีในการสร้างห้องสมุดหลังใหม่

          พ.ศ.  2550  นายสายัณห์  ดวงคำน้อย  ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนแทนนายประครอง      จันทคง       ดำเนินการก่อสร้างห้องสมุดแล้วเสร็จ  คิดเป็นมูลค่า 440,000 บาท 

พ.ศ.  2551   จัดสร้างรั้วโรงเรียนด้านหน้า  งบประมาณจากคณะศิษย์เก่า  มูลค่า  37,600  บาท โรงอาหารและถนนคอนกรีต ได้รับงบประมาณจากคณะผ้าป่าสามัคคีและสนับสนุนจากโรงงานยาสูบกระทรวงการคลัง  มูลค่าทั้งสิ้น  554,939  บาท

พ.ศ. 2551  เดือนพฤศจิกายน  นายนคร   ผองขำ ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนแทนนายสายัณห์  ดวงคำน้อย  ได้รับงบประมาณจาก สพฐ  ก่อสร้างส้วมแบบ  สปช  604/45    ขนาด  4  ที่นั่ง  มูลค่า 244,000 บาท และงบประมาณซ่อมแซมปรับปรุงอาคารเรียนแบบ ป.1 ซ โดยทำการยกพื้นสูงและเปลี่ยนเสา  คสล  จำนวน  48  ต้น  มูลค่า  84,000  บาท   และได้รับเงินบริจาคสนับสนุนการก่อสร้างบันไดคอนกรีตเสริมเหล็กจากพระเดชพระคุณหลวงพ่อพระธรรมธัชมุนี (อมร  ญาโณทโย)  จำนวน  65,000  บาท  นายนคร  ผองขำสมทบค่าช่าง  จำนวน  11,000  บาท

ในปี  พ.ศ.  2553  ได้รับงบประมาณ  ปรับปรุงซ่อมแซมอาคารเรียน  แบบ  ป.1ซ.  เพิ่มเติมจาก  สพฐ  ทำการเปลี่ยนหลังคาเหล็ก  มูลค่า  100,000  บาท  เทพื้นคอนกรีตเสริมเหล็กมูลค่า  144,000  บาท  โดยได้รับงบประมาณสนับสนุนจากโรงงานยาสูบกระทรวงการคลัง  360,000 บาท  โดยการประสานงานของพระเดชพระคุณท่านหลวงพ่อพระธรรมธัชมุนี เพื่อก่อสร้างต่อเติมห้องเรียนชั้นล่างจนเสร็จสมบูรณ์

ในปีงบประมาณ 2554 ได้รับจัดสรรงบประมาณ เครื่องทำน้ำเย็นมูลค่า 34,000 บาท จาก สพฐ. และได้รับงบประมาณสนับสนุนโครงการเศรษฐกิจพอเพียงจากธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร จำนวน 6,000 บาท

เดือนกุมภาพันธ์ 2556 ได้รับงบประมาณปี 2553 ได้รับงบประมาณจากคณะกรรมการกิจการกระจายเสียง กิจการโทรทัศน์และกิจการโทรคมนาคมแห่งชาติ (กส.ทช.) ติดตั้งระบบคอมพิวเตอร์และอินเตอร์เน็ตความเร็วสูง เพื่อการเรียนรู้และบริการสังคม พร้อมอุปกรณ์ครุภัณฑ์จำนวน 11 ชุดต่อ 1 ห้องเรียน และในเดือนมีนาคม 2556 ได้ปรับปรุงภูมิทัศน์บริเวณฐานและเสาธงชาติ  สิ้นงบ 42,000 โดยมีศิษย์และผู้มีจิตศรัทธาร่วมบริจาค จำนวน 24,300 บาท

ปี 2558 นายประสาร บุตตะไมล์ ได้รับแต่งตั้งให้มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์ 
ปี 2559-2561 นายคำพันธ์  กลมเกลี้ยง ได้แต่งตั้งเป็นรักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์ 
ปี 2561-2562 นายรินทอง นรทีทาน ได้แต่งตั้งเป็นรักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์
ปี 2562-2563 นายสุวิช  แสงโชติ ได้รับแต่งตั้งให้มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์
ปี 2563-2564 นายวีระ  คำอาจ ได้แต่งตั้งเป็นรักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์
ปี 2564-2564 นางนิภา  เพ็งธรรม ได้เรับแต่งตั้งเป็นรักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์
ปี 2564-2565 นายวีระ  คำอาจ ได้รับแต่งตั้งเป็นรักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์
ต่อมาในปีปัจจุบันทางสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษายโสธร เขต 1 ได้มีคำสั่งแต่งตั้ง นายชัยสิทธิ์ เสริมพงษ์ ผู็อำนวยการบ้านท่าสมอโคกสมบูรณ์
มารับตำแหน่งรักษาการในตำแหน่งโรงเรียนบ้านหนามแท่งไชยประสิทธิ์