โรงเรียนบ้านนาถ่มเริ่มต่อตั้งขึ้นเมื่อ ปีพุทธศักราช 2487 เดิมเป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนวัดบ้านแคนน้อย  อำเภอคำเขื่อนแก้ว จังหวัดยโสธร อยู่ห่างจากที่ว่าการอำเภอคำเขื่อนแก้ว  9  กิโลเมตร  และอยู่ห่างสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษายโสธร  เขต 1  35  กิโลเมตร ต่อมาในปีพุทธศักราช 2490 ได้แยกมาเป็นโรงเรียนเอกเทศ คือเป็นที่ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน นับรวมจนถึงปัจจุบัน 63 ปี โดยมีนายสนธิ  แก้วแสน เป็นครูใหญ่คนแรกนับจนถึงปัจจุบันมีผู้ดำรงตำแหน่งผู้บริหารโรงเรียนทั้งสิ้น จำนวน  9  คน ปัจจุบันมี นายสุบรรณ์  เศษสุวรรณ์ ดำรงตำแหน่งเป็นผู้บริหารโรงเรียน  โรงเรียนบ้านนาถ่ม  มีเขตบริการ  2  หมู่บ้าน  คือ  หมู่ที่ 2  บ้านนาถ่ม และหมู่ที่  12 บ้านนาถ่ม  มีบุคลากร  จำนวน  9  คน  จำแนกเป็น  ผู้บริหาร  ครูสายผู้สอนจำนวน  9  คน  และนักการภารโรง  1  คน  นักเรียนในปีการศึกษา  2551  จำนวน  132    คน จัดการเรียนการสอนเป็น  2  ระดับ  คือ  ระดับก่อนประถมศึกษาและระดับประถมศึกษา ปีที่ 1 – 6  จำนวน  8  ห้องเรียน มีอาคารเรียนจำนวน  3  หลัง  เป็นแบบ ป.1 ซ. ขนาด 2 ห้องเรียน  1  หลัง  อาคารเรียนแบบ ป.1 ซ. ขนาด 3  ห้องเรียนจำนวน 1  หลัง  และ อาคารเรียนชั้นเดียวขนาด 2 ห้องเรียน จำนวน 1  หลัง  อาคารประกอบเป็นอาคารอเนกประสงค์จำนวน 1 หลัง บ้านพักครูแบบ สปช. 301/26 จำนวน  1  หลัง ส้วม 3 หลัง จำนวน 6 ที่   มีเนื้อที่  11  ไร่