โรงเรียนบ้านนาดีดอนจาน ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 7 มกราคม พ.ศ. 2466 โดยใช้ชื่อตั้งในครั้งแรกว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลทุ่งแต้ 2” (วัดบ้านนาดีน้อย) ขุนนันทนาการ ผู้แทนนายอำเภอยโสธร จังหวัดอุบลราชธานี มาทำพิธีเปิดอาคารเรียน โดยมีครูใหญ่คนแรกคือ นายสาย เนตรหาญ นายคำ ไชยมี เป็นครูผู้สอน นับรวมถึงปีการศึกษา 2567 เป็นเวลา 101 ปี ปัจจุบันมี นายสุวิช แสงโชติ เป็นผู้อำนวยการโรงเรียน